De 1966 Mustang debuteerde met een aantal kleine veranderingen, waaronder een nieuwe grille, sideversiering, wieldoppen en gas cap. Een cruisematic met drie snelheden en automatische transmissie werd beschikbaar voor de 225 pk sterke V8. De 289 “HiPo” K-code motor werd aangeboden met een automatische C4 transmissie.
De “HiPo” kan makkelijk worden herkend door de 1 inch dikke trillingsdemper. Een groot aantal nieuwe verf- en interieurkleuren, een AM/eight-track geluidssysteem, en één van de eerste AM/FM-mono autoradio’s werden ook aangeboden. De eerder optionele functies, inclusief de ronde meters en gewatteerde zonnekleppen, werd een standaarduitrusting. De Mustang cabrio was de meest verkochte auto van 1966 met 72.119 stuks.
De 1965 en 1966 Mustangs onderscheiden zich door verschillen in het exterieur, ondanks het soortgelijke ontwerp. Verschillen zitten in het embleem op de kwart-panelen achter de deuren.
In 1965 had het embleem een verticaal stuk chroom terwijl in 1966 het embleem kleiner was in de hoogte.
De voorste luchtinlaatroosters en ornamenten waren ook verschillend. De 1965 grille maakte gebruik van een “honingraat” patroon, terwijl de 1966 versie een “gleuf” stijl had. Beide modeljaren gebruikte het “Paard en Corral” embleem op de grille, de 1965 had 4 bars uitstrekt aan beide kanten van de kraal, terwijl op de 1966 deze balken werden verwijderd.
In 1965 had het embleem een verticaal stuk chroom terwijl in 1966 het embleem kleiner was in de hoogte.
De voorste luchtinlaatroosters en ornamenten waren ook verschillend. De 1965 grille maakte gebruik van een “honingraat” patroon, terwijl de 1966 versie een “gleuf” stijl had. Beide modeljaren gebruikte het “Paard en Corral” embleem op de grille, de 1965 had 4 bars uitstrekt aan beide kanten van de kraal, terwijl op de 1966 deze balken werden verwijderd.